南平市妇幼保健院始建于1953年，为副处级单位。是一所集保健、临床、教学、科研为一体的全省首家地市级二级甲等妇幼保健机构。是省妇幼保健院的协作医院。医院先后被世界卫生组织、国际儿童基金会、国家卫生部授予《爱婴医院》，被中华人民共和国卫生部授予“全国妇幼工作先进单位”，被中华全国妇女联合会授予“全国三八红旗集体”，连续十届荣获市级文明单位，是南平市“物价监测点单位”、“公费医疗定点单位”、“农村合作医疗定点单位”，南平市产前筛查诊断机构、南平市新生儿救护分中心及南平市生殖健康、高危孕产妇管理中心和南平市妇幼保健工作指导中心。
核定人员编制290人，现有职工245人，其中卫技人员212人，高级人员49人，中级78人；医院占地面积2239.53m2，其中业务用房面积13241.57m2。固定资产总值6154万元，其中专业设备1599万元。医院专科特色突出，主要开展妇幼保健系统管理、婚前医学检查、围产保健、高危孕产妇筛查诊治、儿童体格检查、体弱儿筛查诊治、儿科疾病诊治、产前筛查及诊断、住院分娩、妇产科手术等业务。以宫颈疾病诊治、宫腔镜、腹腔镜微创手术、乳腺保健、无痛人流、无痛分娩、不孕症诊治、儿童心理保健和智商测定、眼保健及弱斜视治疗、口腔保健、微量元素检测、血铅检测、骨龄测定、预测身高、听力筛查、婴儿游泳、婴儿抚触、儿童营养保健、最佳受孕期测定及营养性疾病筛查诊治、孕妇、儿童营养评价等项目尤为突出，特别是在难产处理、妇科病手术、新生儿、儿科病的治疗、口腔保健与治疗等方面在闽北地区享有很高声誉。